Kyrkogårdens äldsta delar är av medeltida ursprung och samtida med kyrkan, som uppfördes under 1100-talet eller 1200-talets första hälft.
Den äldre delen av kyrkogården ligger upphöjd och omges av en bred stenmur samt uppvuxna lövträd i en ståtlig trädkrans.
En utvidgning med minneslund finns väster om kyrkogårdens äldre del. Utvidgningen invigdes 1977.
Ekers lilla medeltida kyrka, samfällighetens minsta, har därmed en värdig och mycket vacker inramning. Ekers kyrka, uppförd under 1100-talet eller 1200-talets första hälft, är länets minsta kyrka med ett för Närkes medeltidskyrkor ovanligt torn. Inredningen är till stora delar från slutet av 1600-talet. En renovering på 1950-talet har gett kyrkorummet dess nuvarande utseende.