Pajala kyrka uppfördes 1797 som brukskyrka i Kengis omkring en halvmil österut men flyttades till Pajala och omgestaltades 1869-71 efter ritningar av arkitekt Ludvig Hedin och under byggmästare A. Jonsson. Det var den tredje kyrka i ordningen som uppförts vid Kengis järnbruk sedan 1650-talet och även den som prosten Laestadius predikade i under åren 1849-1860.
Den kyrka som flyttades utgör sakristia samt sidoskepp i Pajala nuvarande kyrka. Predikstolen från 1790-talet, använd i Kengis, fick sin nuvarande plats. Den äldre altartavlan från 1888 av J. Norén förvaras i sakristian. Altartavlan i kyrkorummet från 1942 är målad av Torsten Nordberg. Interiören fick sin nuvarande prägel 1970-71 under arkitekt Gunnar Lehtipalo. Dominerande stilepok för exteriören är nyklassicism. Utvändigt målades kyrkan 1980.
Interiören
År 1997 genomfördes den senaste renoveringen av kyrkan. Golvet isolerades ordentligt. Kyrkan målades invändigt och utvändigt. Kyrkans gamla färgsättning plockades fram och kyrkans bänkar ommålades också efter den gamla färgsättningen. Alla förgyllningar gjordes om. Färgsättning och målningsarbete utfördes av målarmästare Erik Lindberg, Töre. Nya takkronor installerades. Kyrkan fick den välkomnande och varma atmosfär den har idag.