Runtuna Prästgård ligger på en höjd c:a 250 meter väster om kyrkan.
Stora huset i mitten och den vänstra flygeln (köksflygeln) är sammanbyggda, och fungerar som bostad.
Fram till 2008 låg församlingsexpeditionen till höger i det stora huset. Den är numera inrymd i Klockargården, mittemot kyrkan.
I januari 1752 påminde kyrkoherde Johan Gustaf Mellring om timmerkörning till den nya prästgård som skulle byggas. Den gamla prästgården var utdömd sedan flera decennier. Nuvarande stora huset byggdes på den gamla prästgårdens grund. Prästgårdens placering går minst tillbaka till början av 1600-talet, men sannolikt är det på samma plats som den prästgård som nämns redan under 1300-talet.
Mellring fick sannolikt aldrig bo i det nya huset, eftersom han avled redan samma vår. Hans änka Maria Brigitta Franc gifte om sig med näste kyrkoherde Jonas Haerenius. De är alltså det första prästparet som bott i nuvarande prästgård. Deras porträtt finns i kyrkan. Förmodligen är köksflygeln från samma tid, möjligen ingår där t.o.m. delar av den gamla prästgården. Den andra flygelns ålder är också osäker, men den är inte yngre än 200 år.
Prosten Israel Geringius lät göra en omfattande om- och utbyggnad av prästgården under 1790-talet, bl.a. med överloppskammare som fogades till höger på stora huset. Flera av hans efterträdare fick lösa ut överloppsrummen av företrädarnas dödsbo, den delen av husen var alltså kyrkoherdens privata. Vid denna tid flyttades köket från stora huset till dess nuvanade plats. Geringius lät också bygga till köksflygeln med en sal på dess högra sida. Kanske har denna sal varit avsedd för läsbarnen.
Nästa stora förändring skedde under kyrkoherde Dahlboms tid på 1890-talet. Stora huset byggdes ihop med köksflygeln. Sammanbyggnaden kallas efter sitt originella utseende bleckhornet. 1900-talets förändringar har inskränkt sig till moderniseringar och renovering av fasad och tak. Församlingssalen skapades under 1930-talet, dessförinnan hade flygeln bl.a. innehållit arrendatorsbostad och drängstuga. Prästgården med flyglar bildar en sammanhållen enhet med de fä- och vagnshus, som ligger som en länga på motsatt sida om gårdsfyrkanten. Dessa skiljs av en gammal urglesad trädrad med lindar och lönn. Längan innehåller bl.a. stall från 1840-talet, vagnslider (nu garage), vedbod och ytterligare lider från 1800-talets slut. Bakom dessa hus ligger mer moderna ladugårdsbyggnader på sina föregångares ungefärliga plats.
Sammantaget ger ger detta en mycket fin kulturhistorisk bild av en välbärgad prästgårdsmiljö från 1700-talet. Husen ligger ligger vackert placerade på en höjd nära kyrkan, med ladugårdsbyggnader i nära anslutning, påminnande om den tid när alla präster hade sin försörjning från jordbruket. Invändigt är prästgården ganska välbevarad. Den sexdelade planlösningen i stora huset är intakt med samtliga ursprungliga dörrar från 1700-talet, flera originallås är kvar. I stora huset finns också två kakelugnar från 1700-talet. Köksflygeln har en delvis bevarad parstugeplanlösning med en dörr från 1700-talets första hälft bevarad.
Runtuna Prästgård har kallats Sörmlands vackraste. I denna del av Sörmland finns mycket få prästgårdar kvar i församlingarnas ägo. Riksantikvarieämtetets prästgårdsinventering 1990-talet rankar Runtuna i den främsta klassen, med riksintresse för kulturmiljövården.