Medeltidskryptan i Skara är unik. Efter att ha varit begravd i stenmassor sedan 1200-talet upptäcktes den 1949. Under renoveringen 1999 fann man dessutom stenrester som är äldre än 1100-talets kyrka. Med andra ord är det stenar från den första stenkyrkan på platsen som hittats. Kanske var detta biskop Adalvards kyrka.
I kryptan förvarades dyrbara reliker. Den användes också som gravrum för biskopar. Kryptan kom till på 1100-talet, men den förstördes redan på 1200-talet då domkyrkan fick ett nytt och större kor. Relikerna förvarades istället vid altaret och kryptan låg gömd i cirka 700 år.
Kryptan stod i förbindelse med kyrkan ovanpå via trappor. Mellan trapporna fanns en kammare med särskild ingång. I kammaren förvarades sannolikt relikerna.
I kryptan fann man även en grav från 1100-talet med ett skelett i. I samma grav fanns också ett nattvardskärl i silver: en kalk och en patén. Kalken kallas Sunekalken eftersom det står "Sune gjorde mig" på latin på dess nedre del.
Kryptan har efter den senaste ombyggnaden av domkyrkan fått en ny inramning med det slagna kryssvalvet. De murar som funnits på platsen står som de hittades.