Bakgrund och den första församlingskyrkan
Sankt Jacobs kyrka började sin historia på tidigt 1300-tal som ett kapell i utkanten av Solna församling. 1311 finns handlingar som nämner ett nyuppfört kapell på Norrmalm. Det är svårt att säga om Jacob blev en egen församling under 1400-talet. På 1430-talet kallades kyrkan ”ecclesia parrochialis” vilket betyder ”församlingskyrka” och det finns skäl att anta att kapellet då ersatts av en tegelkyrka. Undersökningar har visat att denna kyrka låg norr om nuvarande kyrkogården – alltså ungefär där nuvarande församlingshuset ligger.
Det bör ha varit en tegelkyrka som revs efter beslut av Västerås Riksdag 1527. Hade kyrkan fortfarande varit byggd i trä skulle den nog inte ha rivits. En anledning till rivandet var att kyrkorna på malmarna hade använts som tillflyktsort för fienden under krigen om Stockholm sedan 1470-talet. Dessutom behövde kung Gustav I tegel till förstärkningsarbetena av Stockholms innerstad.
Helgonet S:t Jacob
Kyrkan är uppkallad efter aposteln S:t Jacob d.ä., pilgrimernas och alla resandes helgon. Han avbildas som en pilgrim med hatt, vandringsstav och kammussla. Musselskalet användes som kåsa, att dricka vatten ur på vägen.
Johan IIIs kyrka 1588-1592
1580 gav kung Johan III order om att man skulle återuppföra S:t Jacobs kyrka. Det var också ett led i att på allvar införliva malmarna i Staden. Bygget startade 1588, denna kyrka skulle också uppföras i tegel och på samma plats som den ursprungliga. Troligen var Willem Boy arkitekt, han arbetade parallellt med de kungliga slotten. Den man som ledde arbetena på Jacobs kyrka var byggmästaren Henrik van Huwen. Kungen ändrade sig snart vad gällde kyrkans läge och utseende och man började bygga söder om kyrkogården. Långhuset fick slutligen en treskeppig plan, sex travéer långt, och utskjutande, smalt polygonalt kor. Fram till kungens död 1592 hann man få de tre skeppen klara och pelarna av öländsk kalksten och valvet över korsmitten färdigställdes också, där man skulle bygga centraltornet.
Karl IXs kyrka och Flemmings bygge 1633-1644
Det tog lång tid att färdigställa kyrkan. Den visar idag spår av både sengotik, renässans och barock. Från Johan IIIs död 1592 stod bygget stilla fram till omkring 1630. Karl IX hade dock intresse av att färdigställa kyrkan. Han planerade att Norrmalm skulle bli en egen stad. Praktiskt fick också Norrmalm egen jurisdiktion och ett eget sigill 1602, dock inga stadsprivilegier. Under Karl IXs ledning utökades kyrkan på längden med två traveer. Arbetet gick sakta och intresset för kyrkan uppehölls mycket p g a att finska församlingen halvt om halvt fick löfte om att använda kyrkan när den blev färdig. 1633 tog Klas Flemming, Sveriges förste överståthållare, initiativ till att skriva kontrakt med murarmästare Hans Förster och stenhuggaren Henrik Blom. Valven är slagna i olika stjärnformer. I mittenvalvets tak står årtalet 1642 med förgyllda siffror, det år då taket var färdigt. Sydportalen, daterad till 1644, är sannolikt ett verk av stenhuggarna Markus eller Hans Hebel. Den västra och den norra portalen är utförda av stenhuggaren Henrik Blom 1643. Hans verk var även tvärskeppens gavelkrön i holländsk renässansstil, förstörda vid branden 1723.
Invigningen 1643
Kyrkan invigdes 1:a Advent den 26 november 1643 i närvaro av bl a drottning Kristina.
S:t Jacob blir egen församling
Dagen före hade Norra Malmen delats i två församlingar, S:ta Clara och S:t Jacob. Mellan församlingarna gick Malmskillnadsgatan uppe på Brunkebergsåsen. Uppe på bortersta änden av åsen låg redan en kyrkogård, Nya kyrkogården. Där skulle snart S:t Johannes begravningskapell byggas som skulle vara annexkyrka till Jacob fram till 1906.
Byggnationerna under 1600-talet och ny sakristia
Bara delar av inredningen var färdig och arbetet fortskred ett tag. Den södra portalen är huggen i grå sandsten och blev färdig först 1644. Den är troligen tillverkad av bildhuggaren Hans Hebel eller möjligen av hans bror Markus Hebel. Norr om koret lät man bygga till en ny sakristia år 1698.
Branden i taket 1723
1723 drabbades kyrkan, främst taket, av brand. Nytt centraltorn, ritat av G.J. Adelcrantz, invigdes 1739. Kyrkans alla tornhuvar ritades av C. Hårleman. Långhuset utökades 1862 genom att de murar som avskilt långhus från sakristia och gravkor, i sidoskeppens främsta travéer, avlägsnades. På 1770-talet målades kyrkans exteriör gråvit.
Byggnadshistorien under 1800-talet
1800-talet innebar stora förändringar av interiören. 1814-16 gjordes en utrensning av nästan allt 1600-tal i kyrkan och under en tid byttes föremål ut med stor intensitet. Alla gamla läktare revs ut och istället byggde man hellånga läktare i både norra och södra sidoskeppen. Altaruppsatsen byttes ut, orgelläktaren ändrades. Resultatet av dessa åtgärder var att kyrkan i princip fråntogs allt ljus. Församlingen klagade. 1825 förändrar man inredningen i kyrkan igen. Läktarna byggdes om och bänkinredningen, som tidigare målats pärlgrå, målades i mahognybrunt.
Centralvärme och gasljus
1850 fick kyrkan centralvärme från en värmepanna placerad öster om sakristian. 1862 övergick församlingen till gasljus i kyrkan, 1450 stycken gaslågor vilket var det största antalet i en Stockholmskyrka.
Vasa-renässans 1893
Resultatet av dessa ändringar avlägsnades vid restaureringen 1893, ledd av arkitekt C Möller. Då fick inredningen en nationalromantisk prägel som kallades Vasa-renässans. Läktarna byttes ut mot barockinspirerade läktarbarriärer. Tak och väggar målades med bladdekor och man satte in elektriskt ljus. Koret fick helt ny utformning med lågt altarskåp och målade glasfönster.
1900-talets renoveringar
1910 gjordes en utvändig upprustning av kyrkan, bl a satte man in en ny sandstenssockel och lade på ett nytt koppartak. 1926 byggdes sakristian ut med ett rum åt öster.
Ombygganden 1932-37
Nästa genomgripande renovering kom 1932-37, vilket gav kyrkan den rena och lite kala känsla som fortfarande präglar kyrkorummet idag. Arbetet leddes 1936-37 av slottsarkitekt Ove Leijonhufvud och började med att kyrkan fick ny puts i samma ljusgrå ton som på 1770-talet.
Kyrkan idag
Inga större förändringar har skett sedan 1937. 1968-69 renoverades kyrkan invändigt och utvändigt och invigdes den 16 november 1969 i närvaro av kung Gustav VI Adolf.
Den 29 sept 1985 invigdes ett nytt församlingshus som byggts på samma plats som kyrkans gamla begravningskapell vid norra sidan av kyrkogården. Församlingshuset ersatte två församlingsfastigheter som exproprierades under 1970-talet.
Vid slutet av 1500-talet började Stockholm växa också utanför Stadsholmen, dvs Gamla stan. Norrmalm behövde en egen kyrka. Jacobs kyrka blev därför den första kyrka i Stockholm som byggdes efter reformationen. Inte förrän i mitten av 1600-talet var kyrkan klar att tas i bruk.
Under 1600- och 1700-talen var Jacob en av Stockholms mest livaktiga kyrkor. Dynamiska präster predikade från dess predikstol, frihetstidens debatter fördes under dess valv och flera av dåtidens kulturpersonligheter ligger, såsom författaren Kellgren, begravda på kyrkogården.
Under 1800-talet förändrades kyrkans interiör flera gånger. Hela den gamla inredningen togs bort, ny kom till som senare även den togs bort.
Under 1930-talet skedde en större ombyggnad, och det var då som den stora altaruppsatsen i nyrenässans kom på plats. Kyrkoorgeln är bland de största i Stockholm och en av de få som klarar av 1900-talets mer komplexa orgelverk.