Stokholms domkyrkoförsamling bedriver verksamhet i tre olika kyrkor:
I S:t Jacobs kyrka har Stockholms domkyrkoförsamling bedrivit musikverksamhet. Från och med den 1 september 2024 stänger S:t Jacobs kyrka för renovering, som beräknas pågå fram till och med stora delar av 2025. Konsertverksamheten flyttas till Storkyrkan under denna tid.
I S:ta Clara kyrka bedrivs både musik och diakonal verksamhet.
I Stockholms centrum ligger tre kyrkor med helt olika historia. Storkyrkan har ända sedan 1200-talet varit kungarnas, statens och köpmännens kyrka. S:t Jacobs kyrka var under stormaktstiden borgerskapets och kulturelitens kyrka, och där förs idag arvet vidare genom ett omfattande musikliv. I S:ta Clara kyrka bodde på medeltiden nunnor som vårdade stadens sjuka. Än idag är det en plats med en intensiv social hjälpverksamhet.